Zu den vielfältigen Dienstleistungen, die man über das Internet abrufen kann, gehört auch die Online Apotheke. Allerdings gibt es einige kleine Unterschiede gegenüber der Apotheke für den Besucherverkehr. So können nicht alle Arten Medikamente online bestellt und versandt werden. Der Hilfetext der Internetapotheke gibt darüber Auskunft und informiert – bei einem guten Anbieter – ausführlich über das Angebot und diejenigen Arzneimittel, die laut Vorschrift nicht in der Online Apotheke verfügbar sind. Auch über die Unterschiede bei den Preisen wird aufgeklärt.

So haben die rezeptpflichtigen Medikamente einen Fixpreis, der auch nicht rabattierbar ist. Aktionen bei der Versandapotheke werden sich entsprechend nur auf Produkte aus dem rezeptfreien Bereich beziehen. Hier findet man allerdings oft merkliche Preisvorteile gegenüber der Apotheke vor Ort. Eine Online Apotheke muss sich schließlich nur um den Erhalt und die Aktualität des Internetauftrittes sowie um den Versand kümmern, andere Kosten entfallen. Wie eine „echte“ Apotheke muss die Versandapotheke jedoch die üblichen Gebühren für Rezepte sowie die Zuzahlungen kassieren und weiterleiten.

Bei der Bestellung mit Rezept sollte man in jedem Falle darauf achten, dass alles korrekt ausgefüllt ist. In der Apotheke um die Ecke hat man immer die Möglichkeit, nach einem kurzen Hinweis des Apothekers das Rezept zurückzuziehen und unter Umständen neu ausstellen zu lassen. Bei der Online Apotheke geht dies nicht; wenn hier etwa der Befreiungsausweis für Zuzahlungen vergessen wurde, wird trotzdem berechnet – so wollen es die Bestimmungen. Auch sollte man beachten, dass ein Kassenrezept lediglich eine Gültigkeit von vier Wochen hat. Dagegen ist ein Privatrezept über drei Monate lang gültig und kann eingelöst werden.