Eine opulente Mischung aus maurischer und gotischer Architektur mitten in Córdoba
Durch die mudéjare Puerta del Perdón, das „Tor der Gnade“, gelangt man in den Patio de los Naranjos, der nach wie vor gepflegt mit Organbäumen und Palmen angelegt ist. Von hier aus geht es durch die Puerta de las Palmas weiter ins Innere, wo man vom Anblick des Säulenwaldes aus einst 1 000 Säulen, die jeweils mit Doppelbögen verziert sind, überwältigt wird. Die Säulen aus Jaspis, Onyx, Marmor und Granit stammen zum Teil vom römischen Tempel der einst hier gestanden hatte, zum anderen Teil aus anderen römischen Bauwerken der alten Provinz Hispania Ulterior, und sorgen mit ihren hunderten Doppelbögen für einen unheimlich dichten Raumeindruck, in dem sich die Perspektive des Raums mit jedem Schritt verändert. Ein Meisterwerk der Baukunst, das man mit Worten nicht beschreiben kann, sondern selbst erlebt haben muss.
Im Südosten der Moschee liegt die Mihrâb Nuevo, deren ornamentale Ausgestaltung einmalig ist; allein die Kuppel des Raums in dem einst der Koran lag ist atemberaubend, wurde diese die Weltmuschel darstellende Kuppel doch aus einem einzigen Marmorblock gehauen, der mehrere Tonnen wiegt. Die goldenen Verzierungen des Raums bestehen nicht nur aus geometrischen und organischen Mustern, sondern zusätzlich aus unzähligen Versen des Korans in arabischer Schrift, die den Raum umlaufen.
Direkt daneben, aber durch Gitter von den übrigen Gebetsräumen abgetrennt liegt die Gebetskammer des Kalifen, die Maksûra mit ihren reichen Ausschmückungen und kostbaren Mosaiken. Ebenfalls neben der neuen Mihrâb gelegen wird der christliche Kirchenschatz aufbewahrt, ihr gegenüber liegt die Capilla Villaviciosa, der erste christliche „neue“ Gebäudeteil der innerhalb der Moschee erbaut wurde. Immerhin wurden bei dieser Kapelle die reich geschmückten maurischen Säulen übernommen und nicht abgerissen.
Nebst dieser ersten Kapelle findet sich die Capilla Real, die einst als Grabkapelle der kastilischen Könige Ferdinand IV. und Alfons XI. diente. Das Hauptwerk des Christentums innerhalb der Moschee ist jedoch die gotische Kathedrale, die von 1563 bis 1599 errichtet wurde, nachdem ihr 63 Säulen weichen mussten. In ihrem Inneren wurde mit kostbaren Materialien ebenfalls nicht gegeizt, so ist der Hochaltar aus rotem Marmor gefertigt, die beiden Kanzeln aus Mahagoni und Marmor - was allerdings nichts daran ändert, dass dieser Bau einer der größten Fehler der Christen überhaupt und ein schlimmer Eingriff in das maurische Kulturerbe war.